1946 m. įsteigta Kėdainių 1-oji vidurinė mokykla.

1965 m. mokykla persikelia į naujas patalpas.

1971 m. pradėtas sustiprintas matematikos mokymas.

1976 m. pradėtas sustiprintas anglų kalbos mokymas.

1981 m. lapkričio 19 d. Kėdainių 1-ąjai vidurinei mokyklai suteikiamas rašytojo Juozo Paukštelio vardas.

1997 m. mokykla įgijo gimnazijos statusą. 

2002 m. rugsėjo 1 d. sujungta Kėdainių pradinė mokykla ir Kėdainių Juozo Paukštelio gimnazijos bendrojo lavinimo skyrius, įsteigta Kėdainių Juozo Paukštelio pagrindinė mokykla.

2012 m. rugsėjo 1 d. Kėdainių rajono Lančiūnavos vaikų darželis, Kėdainių r. Lančiūnavos ir Kėdainių r. Tiskūnų Juozo Urbšio pagrindinės mokyklos reorganizuotos prijungimo būdu.

2015 m. rugsėjo 1 d. mokykla tapo Kėdainių Juozo Paukštelio progimnazija.

Nuo 2016 m. rugsėjo 1 d. Kėdainių Juozo Paukštelio progimnazija turi Lančiūnavos skyrių.

2018 m. spalio 1 d. mokykla tapo Visos dienos mokykla.