1946 m. įsteigta Kėdainių 1-oji vidurinė mokykla.
1965 m. mokykla persikelia į naujas patalpas.
1971 m. pradėtas sustiprintas matematikos mokymas.
1976 m. pradėtas sustiprintas anglų kalbos mokymas.
1981 m. lapkričio 19 d. Kėdainių 1-ąjai vidurinei mokyklai suteikiamas rašytojo Juozo Paukštelio vardas.
1997 m. mokykla įgijo gimnazijos statusą.
2002 m. rugsėjo 1 d. sujungta Kėdainių pradinė mokykla ir Kėdainių Juozo Paukštelio gimnazijos bendrojo lavinimo skyrius, įsteigta Kėdainių Juozo Paukštelio pagrindinė mokykla.
2012 m. rugsėjo 1 d. Kėdainių rajono Lančiūnavos vaikų darželis, Kėdainių r. Lančiūnavos ir Kėdainių r. Tiskūnų Juozo Urbšio pagrindinės mokyklos reorganizuotos prijungimo būdu.
2015 m. rugsėjo 1 d. mokykla tapo Kėdainių Juozo Paukštelio progimnazija.
Nuo 2016 m. rugsėjo 1 d. Kėdainių Juozo Paukštelio progimnazija turi Lančiūnavos skyrių.
2018 m. spalio 1 d. mokykla tapo Visos dienos mokykla.