1946 m. įsteigta Kėdainių 1-oji vidurinė mokykla.

1965 m. mokykla persikelia į naujas patalpas.

1971 m. pradėtas sustiprintas matematikos mokymas.

1976 m. pradėtas sustiprintas anglų kalbos mokymas.

1981 m. lapkričio 19 d. Kėdainių I-ajai vidurinei mokyklai suteikiamas rašytojo Juozo Paukštelio vardas.

1997 m. mokykla įgijo gimnazijos statusą. 

2002 m. rugsėjo 1 d. sujungta Kėdainių pradinė mokykla ir Kėdainių Juozo Paukštelio gimnazijos bendrojo lavinimo skyrius, įsteigta Kėdainių Juozo Paukštelio pagrindinė mokykla.

2012 m. rugsėjo 1 d. Kėdainių rajono Lančiūnavos vaikų darželis, Kėdainių r. Lančiūnavos, Kėdainių r. Tiskūnų Juozo Urbšio ir Kėdainių Juozo Paukštelio pagrindinės mokyklos reorganizuotos prijungimo būdu. Kėdainių Juozo Paukštelio pagrindinė mokykla turi Kėdainių Lančiūnavos skyrių.

2015 m. rugsėjo 1 d. mokykla tapo Kėdainių Juozo Paukštelio progimnazija.

2018 m. spalio 1 d. mokykla tapo Visos dienos mokykla.